Semenya được sinh ra ở Ga-Masehlong, một ngôi làng ở Nam Phi gần Polokwane (trước đây có tên Pietersburg), và lớn lên trong ngôi làng Fairlie, nằm tận sâu trong tỉnh Limpopo phía bắc Nam Phi. Cô chào đời với cặp nhiễm sắc thể XY.[13][14][15] Cô có bốn anh chị em, ba nữ và một nam.[16][17] Semenya học trường cấp 2 Nthema và học ở Đại học North West như một sinh viên ngành khoa học thể thao.[5][18] Cô bắt đầu môn chạy khi đang được đào tạo bóng đá.[19]